GC-состав

GC-состав (гуанин-цитозиновый состав, ГЦ-состав)^[1] — доля гуанина (G) и цитозина (C) среди всех остатков нуклеотидов рассматриваемой нуклеотидной последовательности. GC-состав может быть определён как для фрагмента молекулы ДНК или РНК, так и для всей молекулы или даже всего генома.

Пара GC соединена тремя водородными связями, тогда как пара AT (аденин — тимин) — двумя. Поэтому ДНК с высоким содержанием GC более устойчива к денатурации в растворе, чем ДНК с низким. Кроме водородных связей, на стабильность вторичной структуры ДНК и РНК влияют гидрофобные или стэкинг-взаимодействия между соседними нуклеотидами, не зависящие от последовательности оснований нуклеиновых кислот^[2][3].

При проведении ПЦР GC-состав праймера используется для предсказания температуры плавления этого праймера и температуры отжига. Высокий GC-состав праймера позволяет использовать его при высоких температурах отжига.

Вычисление GC-состава

GC-состав обычно представляется в процентном отношении (доля G+C или доля GC) для одной из цепи ДНК или РНК. Процентный GC-состав вычисляется как^[4]

${\displaystyle GC\%={\cfrac {G+C}{L}}\times \ 100}$

где ${\displaystyle G+C}$ — суммарное количество гуанинов и цитозинов, а ${\displaystyle L}$ — длина цепи ДНК или РНК в нуклеотидах: ${\displaystyle L=A+T+G+C}$.

${\displaystyle G+C}$ можно также представить в виде вырожденного кода как ${\displaystyle S}$, тогда

${\displaystyle GC\%={\cfrac {S}{L}}\times \ 100}$

Вычисление смещений в нуклеотидном составе

GC-состав является частным случаем отклонений^{[прояснить]} (англ. skew) в нуклеотидной последовательности тех или иных нуклеотидных оснований или групп оснований.

Например, отклонение по отношению пуринов (суммы всех гуанинов и аденинов) к длине цепи ДНК или РНК в нуклеотидах (доля G+A или доля GA) можно вычислить в процентном отношении ^[5]:

${\displaystyle GA\%={\cfrac {G+A}{L}}\times \ 100}$

где ${\displaystyle G+A}$ — суммарное количество гуанинов и аденинов, а ${\displaystyle L}$ — длина цепи ДНК или РНК в нуклеотидах: ${\displaystyle L=A+T+G+C}$.

${\displaystyle G+A}$ можно также представить в виде вырожденного кода как ${\displaystyle R}$, тогда

${\displaystyle GA\%={\cfrac {R}{L}}\times \ 100}$

Аналогично, для пиримидинов (цитозина и тимина):

${\displaystyle CT\%={\cfrac {C+T}{L}}\times \ 100={\cfrac {Y}{L}}\times \ 100}$

где ${\displaystyle C+T}$ есть сумма всех цитозинов и тиминов, тогда как ${\displaystyle L}$ есть длина цепи ДНК или РНК в нуклеотидах.

• Отклонение по отношению суммы всех гуанинов к сумме всех цитозинов или наоборот (сдвиг по отношению суммы всех цитозинов к сумме всех гуанинов):

  ${\displaystyle GCskew={\cfrac {G-C}{G+C}}}$

  Данная величина — GC skew — может быть положительной (если количество гуанина выше количества цитозина), отрицательной (в противном случае) или равна 0 (когда количество гуанина и цитозина одинаково).

• Аналогично можно вычислить отклонение по отношению суммы всех аденинов к тиминам или наоборот (суммы всех тиминов к аденинам):

  ${\displaystyle ATskew={\cfrac {A-T}{A+T}}}$

  Данная величина — AT skew — будет положительным, если количество аденина выше количества тимина, отрицательным в противном случае, или равна 0, когда суммы аденинов A и тимина T равны.

• Вычислить отклонение по отношению суммы всех гуанинов и всех цитозинов, по отношению к сумме всех аденинов и тиминам или наоборот (аденинов и тиминов по отношению к сумме всех гуанинов и цитозинов):

  ${\displaystyle SWskew={\cfrac {S-W}{L}}}$

  где ${\displaystyle S}$ есть сумма всех гуанинов и цитозинов, тогда как ${\displaystyle W}$ есть сумма всех аденинов и тиминов.

• Вычисление общего отклонения всех пуринов к пиримидинам или наоборот (всех пиримидинов ко всем пуринам), в цепи ДНК:

  ${\displaystyle RYskew={\cfrac {R-Y}{L}}}$

  где ${\displaystyle R}$ есть сумма всех гуанинов и аденинов, тогда как ${\displaystyle Y}$ есть сумма всех цитозинов и тиминов.

• Вычислить отклонение по отношению суммы всех цитозинов и всех аденинов, по отношению к сумме всех гуанинов и тиминов или наоборот (гуанинов и тиминов по отношению к сумме всех цитозинов и аденинов):

  ${\displaystyle MKskew={\cfrac {M-K}{L}}}$

  где ${\displaystyle M}$ есть сумма всех цитозинов и аденинов, тогда как ${\displaystyle K}$ есть сумма всех гуанинов и тиминов.

Примечания

См. также

• Полимеразная цепная реакция

Ссылки

• Таблица GC-состава для бактерий
• GC-состав для бактерий на сайте NCBI.
• GC-состав для разных видов.

Эта страница в последний раз была отредактирована 24 января 2024 в 03:31.