Алгоритм Смита — Ватермана предназначен для получения локального выравнивания последовательностей, то есть для выявления сходных участков двух нуклеотидных или белковых последовательностей. В отличие от алгоритма Нидлмана — Вунша, который осуществляет выравнивание последовательностей по всей длине, алгоритм Смита — Ватермана сравнивает отрезки всех возможных длин и оптимизирует меру сходства по всем отрезкам и всем выравниваниям этих отрезков.
Алгоритм был предложен Т. Ф. Смитом и М. Ватерманом в 1981[1]. Подобно алгоритму Нидлмана — Вунша, алгоритм Смита — Ватермана использует принцип динамического программирования. Он гарантирует нахождение оптимального, относительно используемой им меры оценки качества, локального выравнивания. Эта мера оценки — так называемый вес, или счёт (Score) выравнивания, предусматривающий использование матрицы замен и штрафов за «гэпы» (то есть вставки и делеции).
Энциклопедичный YouTube
-
1/3Просмотров:3 82829 35816 366
-
Лекция 2 | Алгоритмы в биоинформатике | Николай Вяххи | CSC | Лекториум
-
Алгоритм Уоршелла
-
Topic 45 (BIF401 - Bioinformatics I)
Субтитры
Примечания
- ↑ Smith, Temple F.; and Waterman, Michael S. Identification of Common Molecular Subsequences (англ.) // Journal of Molecular Biology : journal. — 1981. — Vol. 147. — P. 195—197. — doi:10.1016/0022-2836(81)90087-5. — PMID 7265238. Архивировано 26 мая 2011 года.
| Меры схожести строк | |
|---|---|
| Поиск подстроки | |
| Палиндромы | |
| Выравнивание последовательностей | |
| Суффиксные структуры | |
| Другое | |
 |
|---|
Эта страница в последний раз была отредактирована 29 ноября 2021 в 11:52.
Обычно почти сразу, изредка в течении часа.