Для установки нажмите кнопочку Установить расширение. И это всё.

Исходный код расширения WIKI 2 регулярно проверяется специалистами Mozilla Foundation, Google и Apple. Вы также можете это сделать в любой момент.

4,5
Келли Слэйтон
Мои поздравления с отличным проектом... что за великолепная идея!
Александр Григорьевский
Я использую WIKI 2 каждый день
и почти забыл как выглядит оригинальная Википедия.
Статистика
На русском, статей
Улучшено за 24 ч.
Добавлено за 24 ч.
Альтернативы
Недавние
Show all languages
Что мы делаем. Каждая страница проходит через несколько сотен совершенствующих техник. Совершенно та же Википедия. Только лучше.
.
Лео
Ньютон
Яркие
Мягкие

Из Википедии — свободной энциклопедии

Футпринтинг ДНК (англ. DNA footprinting) — метод поиска в структуре ДНК последовательностей связывания ДНК-связывающих белков. Данный метод используют для изучения взаимодействия белков с ДНК как in vitro (с выделенными из клеток ДНК-белковыми комплексами), так и in vivoфизиологических условиях, внутри клетки).

Например, факторы транскрипции связываются с промоторами, энхансерами или сайленсерами и регулируют экспрессию отдельных генов в геноме. Метод футпринтинга ДНК позволяет установить последовательности ДНК, с которыми связываются данные регуляторные белки. Метод также пригоден и для быстрого поиска (скрининга) специфических белков, связывающихся с определённой последовательностью ДНК.

Своё название метод получил от английского слова «footprint», обозначающего отпечаток ноги или след.[1].

История

В 1978 году Дэвид Галас и Альберт Шмитц разработали метод футпринтинга ДНК для изучения специфичности связывания белка-репрессора с лактозным опероном. Метод футпринтинга был основан на методе секвенирования Максама-Гилберта.[2]

Метод

Рисунок 1. Схема эксперимента по футпринтингу ДНК

Наиболее простым применением данного метода является установление того, связывается ли белок с тем или иным районом ДНК.[3]

  1. При помощи полимеразной цепной реакции (ПЦР) амплифицируют и метят необходимую последовательность ДНК, которая является вероятным сайтом связывания белков. Идеальный размер ампликона в таком случае составляет от 50 до 200 оснований.
  2. Добавляют исследуемый белок, при этом часть ДНК оставляют интактной для последующего сравнения
  3. Добавляют разрезающий агент — химической или ферментативной природы. Разрезающий агент случайным образом вносит разрывы в ДНК. Условия реакции подбирают таким образом, чтобы каждая цепочка ДНК была разрезана лишь в одном месте. Белок, который специфически связывается с последовательностью нуклеотидов ДНК, защищает участок связывания от разрезания.
  4. Продукты деградации ДНК разделяют при помощи электрофореза в полиакриламидном геле. Фрагменты ДНК, с которыми не был связан белок, будут разрезаны в случайных местах и в геле будут распределяться в виде «лестницы». Фрагменты ДНК, с которыми связывается белок, будут защищены от разрезания и будут образовывать отпечаток, след (англ. footprint) на такой «лестнице». Одновременно с футпринтингом может быть произведено секвенирование ДНК методом Максама-Гилберта, при этом будет установлена последовательность нуклеотидов, с которыми связывается соответствующий белок.

Мечение

Анализируемые молекулы ДНК для определения расположения сайта связывания белка могут быть помечены отдельно с 3'- и с 5'-конца. Используют метки:

  • Радиоактивные метки традиционно используют для мечения фрагментов ДНК для футпринтинга, данный способ мечения был разработан на методики секвенирования ДНК по Максаму-Гилберту. Данный вариант является очень чувствительным, при помощи радиоактивной метки можно визуализировать малые количества ДНК.
  • Флюоресцентные метки являются заменой опасным радиоактивным. Однако, флюоресцентное мечение является менее чувствительным методом визуализации ДНК, и низкие концентрации продуктов футпринтинга не могут быть детектированы. Для визуализации продуктов, меченных флюорофорами используют секвенирующие гели и методы капиллярного электрофореза.[3]

Разрезающий агент

В качестве разрезающего агента для деградации исследуемой ДНК применяют ДНКазу I типа[3][4], реактив Фентона[5], ультрафиолетовое облучение[6].

Примечания

  1. Молекулярная биология клетки. М.: «Мир», 1994.
  2. Galas D and Schmitz A. (1978) DNAse footprinting: a simple method for the detection of protein-DNA binding specificity. Nucleic Acids Research. 5(9):3157-70.
  3. 1 2 3 Hampshire A, Rusling D, Broughton-Head V, and Fox K. (2007) Footprinting: A method for determining the sequence selectivity, affinity and kinetics of DNA-binding ligands. Methods. 42:128-140.
  4. LeBlanc B and Moss T. (2001) DNase I Footprinting. Methods in Molecular Biology. 148: 31-8.
  5. Zaychikov E, Schickor P, Denissova L, and Heumann H. (2001) Hydroxyl radical footprinting. Methods in Molecular Biology. 148: 49-61.
  6. Geiselmann J and Boccard F. (2001) Ultraviolet-laser footprinting. Methods in Molecular Biology. 148:161-73.
Эта страница в последний раз была отредактирована 21 марта 2020 в 14:08.
Как только страница обновилась в Википедии она обновляется в Вики 2.
Обычно почти сразу, изредка в течении часа.
Основа этой страницы находится в Википедии. Текст доступен по лицензии CC BY-SA 3.0 Unported License. Нетекстовые медиаданные доступны под собственными лицензиями. Wikipedia® — зарегистрированный товарный знак организации Wikimedia Foundation, Inc. WIKI 2 является независимой компанией и не аффилирована с Фондом Викимедиа (Wikimedia Foundation).