Sonda molecular

Una sonda (en inglés, probe) es un fragmento de ADN (o raramente ARN) de pequeño tamaño (normalmente entre 100 y 1000 bases) usado en biología molecular como herramienta para detectar la presencia de secuencias complementarias al ADN o ARN diana u objetivo.^{[cita requerida]} La sonda suele unirse a la secuencia diana monocatenaria (ADN_1c o ARN) mediante un mecanismo de hibridación que forma una estructura bicatenaria, una de las hebras pertenece a la sonda, y la otra a la secuencia diana. Esta unión se establece porque tanto la sonda como la diana tienen secuencias parcial o totalmente complementarias en sus pares de bases.^{[cita requerida]}

Marcaje

Para visualizar las moléculas diana se utiliza una sonda marcada, radiactivamente o mediante marcaje inmunológico. Para el uso de ADN de doble cadena primeramente es necesario desnaturalizarlo mediante calor o en condiciones de alta alcalinidad. Esta sonda de cadena simple marcada se une a la diana y los lugares de unión se detectan mediante fotografía. En los métodos más avanzados se utilizan marcajes mediante fluorescencia que emiten señales detectadas mediante láser, como el utilizado en la PCR a tiempo real.^{[cita requerida]}

La sonda de ADN es una técnica que permite cortar, repegar, multiplicar y seleccionar fragmentos de ADN.^{[cita requerida]}

Radiactividad

Se puede marcar radiactivamente la sonda utilizado nucleótidos que tengan en alguno de sus átomos un isótopo radiactivo, normalmente ³²P aunque también es frecuente el uso de tritio.^{[cita requerida]}

Inmunológico

Aunque el marcaje radiactivo es muy sensible, conlleva el peligro asociado a la utilización de radiactividad. Para evitar este peligro se desarrollaron otros métodos de marcaje basados en anticuerpos. Las sondas se marcan utilizando nucleótidos que llevan unida una molécula (digoxigenina), a la solución se le añaden anticuerpos específicos que se unen a esa molécula; y estos anticuerpos llevan asociado un compuesto luminiscente o fluorescente (Como el CDP-Star) que deja impronta fotográfica.^{[cita requerida]}

Southern y Northern blot

Independientemente de la naturaleza de la sonda utilizada (ADN o ARN), las hibridaciones efectuadas sobre ácidos nucleicos inmovilizados en membranas o in situ, serán de tipo Southern cuando se use ADN como diana a detectar y de tipo Northern cuando la diana a detectar sea mayoritariamente de ARN.^{[cita requerida]} La sonda molecular se utiliza para la búsqueda de genes específicos, de tal forma que construye una molécula que hace las veces de detector de genes.

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